Przegląd

Panel sekwencjonowania 148 genów nowej generacji (NGS) dla guzów stałych przekształca pojedynczą próbkę tkanki lub kwasu nukleinowego w ustrukturyzowaną mapę przekształceń genomowych.W przypadku nabywców B2B prowadzących laboratoria referencyjne lub zarządzających dystrybucją transgraniczną, różnicą jest rzadko tylko liczba genów, ale niezawodność laboratorium i dyscyplina reagowania za raportem.W tym artykule wyjaśniono zasadę wykrywania NGS i dlaczego można osiągnąć 8-dniowy cykl bez poświęcania głębi analitycznej.

Jak NGS wykrywa cztery klasy odmian

NGS działa poprzez fragmentację DNA guza, dołączenie adapterów sekwencyjnych i odczytywanie milionów krótkich fragmentów równolegle.Bioinformatycy następnie dostosowują te odczyty do genomu odniesienia, aby nazwać zmiany.Dobrze zaprojektowany panel opracowany z myślą o nowotworze stałym przedstawia cztery klasy wariantów: warianty jednonukleotydowe (SNV), małe wstawienia i delecje (indels), zmiany liczby kopii (CNA),i fuzji genów powstałych w wyniku strukturalnych przekształceńPonieważ ta sama biblioteka obsługuje wszystkie cztery, jeden test zastępuje kilka starszych testów pojedynczego genu.i wybranych szlaków naprawy uszkodzenia DNA, dając klinicystom szerszą podstawę do podejmowania decyzji dotyczących terapii i dopasowywania badań.

Od pierwotnych odczytów do raportu klinicznego

Proces analityczny rozpoczyna się od kontroli jakości biblioteki, a następnie z wyrównaniem, wywołaniem wariantów i notowaniem w stosunku do wyselekcjonowanych baz danych.W sprawozdaniu zazwyczaj uwzględnia się obciążenie mutacyjne guza (TMB) i niestabilność mikrosatelity (MSI), jeżeli jest to zweryfikowane.Ośmiodniowy cykl zależy od zdyscyplinowanej analizy wstępnej: szybka ekstrakcja kwasów nukleinowych, standaryzowane przygotowanie biblioteki,i automatyczne notowanie, które oznacza warianty według znanej znaczenia klinicznegoKupujący powinni poprosić o wskaźniki walidacji, takie jak wrażliwość, specyficzność i limit wykrywania, ponieważ określają one, czy zgłoszony jest wariant o niskiej częstotliwości, czy też nie.

Wykorzystanie klinicznie przydatnego streszczenia 148 genów oddziela znane od nieznanych warianty.i odnotowuje, czy wyniki są zgodne z zatwierdzoną terapią, trwające badanie kliniczne, lub tylko przedkliniczne uzasadnienie.Standaryzowane sprawozdawczość ułatwia również integrację z systemami informacji laboratoryjnych i wspiera spójną komunikację z lekarzami w różnych regionach.Równie ważna jest możliwość śledzenia: powiązanie każdego wyniku z konkretną partią, wersją reagentu i wykorzystanym przewodem bioinformatycznym pozwala na szybkie zbadanie wszelkich anomalii.

Częste pytania

P: Czy większy panel genetyczny zawsze oznacza lepszy raport?Nie koniecznie. Użyteczność kliniczna zależy od tego, które geny są włączone, dane potwierdzające za nimi i jakość przypisów.dobrze zweryfikowany panel często przewyższa dłuższą listę z płytkim zasięgiem.

P: Dlaczego zmiany mają znaczenie dla badań na nowotwory stałe?Odpowiedź: Okna leczenia raka zaawansowanego są wąskie. Ośmiodniowy cykl pomaga onkologom i komisjom molekularnym dostarczyć wyniki, gdy decyzje dotyczące terapii są jeszcze otwarte.

P: Czy jeden panel może obsługiwać zarówno SNV, jak i fuzje?Odpowiedź: Tak. Nowoczesne biblioteki NGS są zaprojektowane do wykrywania SNV, indels, zmian w liczbie kopii i fuzji genów z tego samego wejścia DNA, dlatego jeden test może zastąpić wiele testów.