Przegląd

Sekwencjonowanie guza na poziomie DNA przekształca pojedynczą próbkę tkanki w mapę mutacji napędzających chorobę. Panel 12 genów plus niestabilność mikrosatelitarna (MSI) wykorzystuje sekwencjonowanie nowej generacji oparte na amplikonach do identyfikacji zmian, które decydują o skuteczności leków celowanych. Ta skoncentrowana konstrukcja zapewnia zespołom onkologicznym szybki, ekonomiczny obraz genomiczny bez kosztów bardzo dużego panelu.

Jak to działa

Badanie wzbogaca i sekwencjonuje dwanaście genów związanych z rakiem – w tym EGFR, KRAS, BRAF, ALK i MET – bezpośrednio z tkanki utrwalonej formaldehydem i zatopionej w parafinie (FFPE). Przygotowanie biblioteki wykorzystuje multipleksową reakcję łańcuchową polimerazy do amplifikacji regionów docelowych, co zapewnia wydajność przepływu pracy nawet przy ograniczonej ilości materiału początkowego. Po sekwencjonowaniu potoki bioinformatyczne dopasowują odczyty, identyfikują warianty pojedynczych nukleotydów oraz małe insercje lub delecje, a także obliczają status MSI, porównując rozkład długości powtarzalnych loci z stabilnym odniesieniem. Raport następnie wymienia każdy wykryty wariant wraz z jego pozycją genomiczną, częstością alleliczną i adnotacją dotyczącą znaczenia klinicznego zaczerpniętą z publicznych baz danych wariantów.

Wskazania

Lekarze zlecają ten panel pacjentom z zaawansowanym niedrobnokomórkowym rakiem płuca, którzy potrzebują skoncentrowanego obrazu genomicznego przed rozpoczęciem terapii. Nadaje się do przypadków, w których szeroki panel jest niepotrzebny, ale wymagane jest potwierdzenie najbardziej użytecznych czynników napędzających. Komponent MSI dodaje wartość dla pacjentów rozważanych pod kątem immunoterapii, ponieważ wysokie MSI przewiduje odpowiedź na inhibitory punktów kontrolnych w różnych typach nowotworów.

Próbka i raportowanie

Jeden blok FFPE lub 5-10 niezabarwionych preparatów mikroskopowych zapewnia wystarczającą ilość materiału do badania. Czas realizacji wynosi zazwyczaj 7-10 dni roboczych od otrzymania próbki, a wyniki są dostarczane w postaci ustrukturyzowanego pliku PDF z tabelami wariantów i podsumowaniem interpretacji. Ponowna ekstrakcja jest dostępna, gdy początkowa ilość kwasu nukleinowego spadnie poniżej zweryfikowanego progu.

Przechowywanie i pozyskiwanie

Zwoje tkanki powinny być wysyłane w temperaturze otoczenia z środkiem suszącym, podczas gdy wyekstrahowany kwas nukleinowy podróżuje na suchym lodzie w celu zachowania integralności. Dla partnerów szpitalnych i dystrybutorów, zbiorcze zgłoszenia zmniejszają koszt na próbkę i usprawniają harmonogramowanie laboratorium. Give Life Time International wspiera powtarzalne zamówienia i skonsolidowaną logistykę dla grup wykonujących panel w dużych ilościach.

Często zadawane pytania

P: Które geny są zawarte w panelu 12 genów? Panel obejmuje EGFR, KRAS, BRAF, ALK, MET i inne często występujące czynniki napędzające raka płuca wybrane ze względu na ich ustaloną więź z zatwierdzonymi terapiami.

P: Jak określa się status MSI w tym samym badaniu? Potok mierzy poślizg w powtarzalnych loci i porównuje zaobserwowany rozkład długości ze stabilnym odniesieniem, klasyfikując próbkę jako MSS, MSI-L lub MSI-H.

P: Jaka ilość próbki jest potrzebna, gdy tkanka jest rzadka? Zazwyczaj wystarcza od pięciu do dziesięciu niezabarwionych preparatów FFPE, a etap przygotowania biblioteki oparty na PCR toleruje niższe ilości wejściowe niż metody całego eksomu.

P: Czy raport może pomóc w wyborze pierwszej linii terapii celowanej? Tak. Wykryte warianty uwrażliwiające, takie jak delecje w eksonie 19 EGFR lub fuzje ALK, są zgłaszane z powiązaniami terapeutycznymi w celu wsparcia decyzji dotyczących pierwszej linii leczenia.